Problémy začaly, když ukončil fotbalovou kariéru. Nová funkce mu přinesla takové potíže, že si vzal život. Tedy pokud to byla sebevražda.
Ta událost dodnes budí vášně. Nejbližší okolí od začátku tvrdilo, že by si na život Jan Sanytrník sám nikdy nesáhl. Matka bývalého fotbalisty a činovníka Bohemky po této tragédii tvrdila, že její syn byl bolístka a nic takového by nikdy neudělal. Podle informací z policejního vyšetřování se však v Michelském lese v Praze odehrálo něco, co tak trochu připomínalo japonské harakiri.
Další pochybnosti
Třiatřicetiletý fotbalový útočník si měl podle Lidovek omotat nůž ručníkem, vyhrnout si bundu a napíchnout se špičkou nožem o strom. Poté měl Sanytrník bodnou zbraň z těla dokonce vytáhnout, což vzbudilo další pochybnosti. Podle tehdejšího vyjádření odborníků to prý člověk ve stavu šoku, kdy si chce vzít život, dokáže. Policie se s případem nijak dlouho nezabývala. Závěr byl dle rešerše redakce SportyŽivě jasný. Cizí zavinění nebylo prokázáno.
Týden před smrtí si rodina a kamarádi všimli, že s ním není něco v pořádku. Jinak velmi výřečný Sanytrník na ně působil velmi nervózně a moc toho prý nenamluvil. V den smrti, 30. srpna 1999 vzbudil okolo páté hodiny ráno svoji přítelkyni Šárku s tím, že si jde zaběhat. Ona opět usnula, ale slyšela, že se někdo vrátil. Jestli to byl Sanytrník nebo někdo jiný, nezjistila. Alespoň to tvrdila v pořadu Na vlastní oči. Každopádně z kuchyně zmizel nůž, který se pak našel u jeho těla.
Sanytrník zůstal u fotbalu
Problémy dle rešerše redakce SportyŽivě odstartovaly v roce 1996, kdy si v utkání v Českých Budějovicích zlomil nohu. Otevřená fraktura holení a lýtkové kosti mu ukončila kariéru. U fotbalu ale zůstal. Dokonce nemusel měnit klubové barvy. Místo sekretáře mu tehdy nabídl trenér Bohemians Vlastimil Petržela. Ze strany Sanytrníka to však nebylo správné rozhodnutí. Bohemians nebyly pod vedením majitele Pavla Švarce v dobré finanční kondici.
Po konci vyšetřování se do případu vložil i investigativní novinář Josef Klíma. Ten přišel s tím, že Sanytrník nejspíš doplatil na dluhy některých funkcionářů. Podle něj na něj tlačili věřitelé. Jednalo se prý o tvrdé lichváře. Údajně vlastnil deníček, kde byly veškeré dluhy klubu zaneseny. Ten ale policie skartovala. Bývalý fotbalista měl být něco jako rukojmí, aby zatlačil na klub. Stal se nepohodlným, nebo neunesl svojí životní situaci? To už se asi nikdy nedozvíme.